La biodiversité française bénéficie d’un cadre légal pour assurer sa conservation. Cette protection s’articule autour de deux grands axes complémentaires : la protection des espaces, à travers un réseau d’aires protégées, et la protection des espèces, sites et habitats, encadrée notamment par l’article L. 411-1 du code de l’environnement.
Sommaire
Le cadre juridique de la protection de la biodiversité
Contexte : La loi du 13 juillet 1976 constitue le premier grand texte français consacré à la protection de nature. Cette loi affirme pour la première fois que la protection de la nature est d’intérêt général et qu’il est du devoir de chacun de contribuer à la préservation du patrimoine naturel. Ce texte fondateur de 1976 a amorcé une dynamique législative majeure. Il a ouvert la voie à des avancées clés comme le réseau Natura 2000, la création du Code de l’environnement (1995), la Charte de l’environnement (2004) ou la loi de 2016 pour la reconquête de la biodiversité, qui a ancré le préjudice écologique dans le Code civil.
La protection de la biodiversité repose sur un ensemble de textes nationaux et internationaux qui se complètent et se renforcent.
Cadre international
Conventions, traités, accords et règlementation européenne viennent compléter le dispositif français et fixent des engagements de long terme en matière de conservation de la nature.
Cadre national
- La Charte de l’environnement, instrument à valeur constitutionnelle
- La loi relative à la protection de la nature de 1976
- Les lois Grenelle pour l’environnement
- La loi pour la reconquête de la biodiversité, de la nature et des paysages de 2016
Qu’est-ce qu’une espèce protégée ?
Une espèce protégée est une espèce animale, végétale ou fongique qui bénéficie d’un statut légal de protection spéciale en raison de sa rareté, de son importance écologique ou des menaces qui pèsent sur sa survie.

Concrètement, il est interdit de la chasser, pêcher, cueillir, détruire ou déplacer, et ce à tous les stades de développement (graines, œufs, jeunes, adultes…). Cette protection peut être accordée à différents niveaux — international, national, régional, départemental ou local — et s’étend parfois au milieu de vie de l’espèce.
Les espèces, sites et habitats protégés au titre de l’article L. 411-1 du code de l’environnement sont ceux dont la conservation est justifiée par un intérêt scientifique particulier, par leur rôle essentiel dans l’écosystème, ou par les nécessités de préservation du patrimoine naturel
Pour résumer

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Quand une espèce sauvage fait l’objet d’un régime juridique de protection nationale, internationale ou locale en vu de garantir leur préservation. Au niveau national, cela fait référence à la Loi du 10 juillet 1976 relative à la protection de la nature.
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si elle est présente sur le territoire européen des États membres de l’UE où les Directives Oiseaux et Habitats -Faune-Flore s’appliquent. Elles constituent un des socles de la législation européenne en matière de conservation de la nature. Des listes d’espèces et d’habitats ont été établies. L’objectif est de s’assurer du maintien dans un état de conservation favorable des espèces et habitats inscrits ou leur restauration. La création des zones Natura 2000 en est un aboutissement.
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« Dans le cadre des Zones naturelles d’intérêt écologique, faunistique et floristique (ZNIEFF), est qualifiée d’espèce déterminante :
1) une espèce en danger, vulnérable, rare ou remarquable répondant aux cotations mises en place par l’UICN ou extraites des livres rouges publiés nationalement ou régionalement ;
2) une espèce protégée nationalement, régionalement, ou faisant l’objet de réglementations européennes ou internationales lorsqu’elles présentent un intérêt patrimonial réel au regard du contexte national ou régional ;
3) une espèce ne bénéficiant pas d’un statut de protection ou n’étant pas inscrite dans des listes rouges, mais se trouvant dans des conditions écologiques ou biogéographiques particulières, en limite d’aire ou dont la population est particulièrement exceptionnelle (effectifs remarquables, limite d’aire, endémismes…) » (INPN)
Il s’agit d’un statut informatif sans protection juridique spécifique.
La biodiversité protégée en chiffres
+ de 40 000
40 000 espèces animales et végétales protégées dans le monde, dans le cadre de la réglementation CITES
7 259
espèces protégées sur tout ou partie du territoire national
877
espèces protégées en Bourgogne-Franche-Comté en 2024
Différents types de protection des milieux
Les aires protégées sont les régimes de protection les plus connus, elles sont définies par l’IUCN comme « un espace géographique clairement défini, reconnu, consacré et géré, par tout moyen efficace, juridique ou autre, afin d’assurer à long terme la conservation de la nature ainsi que les services écosystémiques et les valeurs culturelles qui leur sont associés ».
Les dispositifs de protection en France se répartissent en plusieurs grandes familles, selon leur nature juridique et leur niveau d’engagement. Chacun possède des objectifs spécifiques et des niveaux de protection adaptés aux particularités des écosystèmes concernés. Notre outil de la connaissance cartographique Sigogne permet de visualiser sur un territoire précis, quelles règlementations sont applicables.
Les régimes de protection réglementaire forte
Mesures édictées par une autorité exécutive (Préfet, président de Conseil régional, département, etc.). Par exemple, les réserves naturelles sont protégées par un arrêté (préfectoral ou régional) qui précise le régime particulier, voire l’interdiction de « toute action susceptible de nuire au développement naturel de la faune et de la flore » (L.332-3 C.E).

- les coeurs de parc nationaux
- les réserves biologiques dirigées et intégrales,
- les arrêtés préfectoraux de protection de biotope, dé géotope, des habitats naturels
- les réserves naturelles nationales (RNN) et régionales (RNR)…
- les sites classés
21 RNR
en Bourgogne-Franche-Comté pour 5 002 ha protégés, gérés, valorisés.
1,5%
Du territoire de Bourgogne-Franche-Comté / ≈ 1,5 % du territoire métropolitain

Protection foncière : c’est une manière de protéger la nature qui consiste à acquérir du terrain pour qu’il ne soit pas affecté par des activités humaines.
- les sites acquis par les Conservatoires d’espaces naturels (Cen)
- les Espaces Naturels Sensibles (ENS)
- les sites de Maitrise d’ouvrage
- les réserves nationales de chasse et de faune sauvage
- les sites acquis par les collectivités
D’autres outils que ceux mentionnés peuvent être mobilisés pour protéger des espaces aquatiques ou terrestres, comme par exemple les documents d’urbanisme (en particulier le plan local d’urbanisme) ou encore la délimitation de « zones humides d’intérêt environnemental particulier »
≈ 7 000
Hectares au total d'ENS

Protection conventionnelle : elle repose sur l’engagement volontaire des acteurs
- les Parcs Naturels Régionaux (PNR) avec leur charte qui définit les orientations de protection
- Certains espaces sont protégés au titre des directives européennes « Oiseaux » et « Habitats, Faune Flore », pour le réseau des sites Natura 2000
- Obligation réelle d’engagement (ORE)
- et autres dispositifs négociés entre l’État, les collectivités et les propriétaires.
14%
du territoire de BFC couvert par Natura 2000
4
Parcs Naturels Régionaux en Bourgogne-Franche-Comté
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Le Plan Local d’Urbanisme (pouvant également être réalisé à l’échelle de l’intercommunalité) est certainement l’outil le plus pertinent à l’échelle locale pour intégrer les enjeux de biodiversité, des trames vertes et bleues, et de lutte contre l’artificialisation. Cependant, il reste un outil spécifique du Code de l’urbanisme dont la vocation est de définir les modalités d’occupation du sol dans la commune.
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Réserves de biosphère (UNESCO-MAB), zones humides Ramsar, biens du patrimoine mondial de l’UNESCO, géoparcs mondiaux, aires spécialement protégées d’importance méditerranéenne (convention de Barcelone), zones protégées des conventions OSPAR (Atlantique Nord-Est) et de Carthagène (Caraïbes).
Les Plans Nationaux d’Actions (PNA)
Les Plans Nationaux d’Actions sont des outils stratégiques visant à assurer la conservation des espèces les plus menacées. Ils définissent des objectifs précis, des actions concrètes et un calendrier de mise en œuvre, animés par les services de l’État avec l’appui de l’OFB.
Exemple régional : le Lynx boréal
Plus grand félin sauvage d’Europe, le Lynx boréal est réapparu en France grâce aux réintroductions menées en Suisse et dans le massif des Vosges. Sa population peine cependant à augmenter et le Jura reste sa principale aire de présence régulière. Collisions routières, destructions illégales et manque de connexion entre populations menacent sa conservation à long terme.
Un premier PNA d’une durée de 5 ans a été lancé en 2022. La DREAL Bourgogne-Franche-Comté en coordonne et en anime la mise en œuvre, avec l’appui de l’OFB. Ses 14 objectifs visent à améliorer la coexistence avec les activités humaines, réduire les menaces sur la viabilité de l’espèce, lever les freins à son expansion, et renforcer communication et sensibilisation.
Police de l’environnement
Le respect des règlementations environnementales est garanti par la police de l’environnement, qui contrôle, prévient et sanctionne les atteintes au patrimoine naturel. Sous certaines conditions strictes et pour des motifs précis, des dérogations peuvent toutefois être accordées pour l’utilisation de certaines espèces protégées.
Dérogations
La CITES : une réglementation internationale du commerce
La Convention sur le commerce international des espèces de faune et de flore sauvages menacées d’extinction (CITES) encadre les échanges commerciaux pour éviter qu’ils ne mettent en péril la survie des espèces.
Pour aller plus loin
Retrouvez ici les principales ressources institutionnelles et opérationnelles pour approfondir le sujet.
Stratégies et politiques publiques
- Stratégie nationale des aires protégées
- Plan d’actions territorial Bourgogne-Franche-Comté 2022-2024 (déclinaison régionale de la SNAP)
- Dispositifs français de protection des espaces naturels
- DREAL BFC — Les grands principes de la règlementation
- Espèces, sites et habitats protégés (article L. 411-1)
- Plans Nationaux d’Action en vigueur en 2025
- Indicateur — Aires protégées en Bourgogne-Franche-Comté
Acteurs et réseaux
Outils et conventions
- Guide des Obligations Réelles Environnementales
- Convention de Ramsar
- Compteur biodiversité Outre-Mer
Cartographie des aires protégées en Bourgogne-Franche-Comté
Cartes des aires protégées réalisées par la DREAL Bourgogne-Franche-Comté :
Atlas BFC — Protections réglementaires (PDF)
Atlas BFC — Natura 2000 et parcs naturels régionaux (PDF)
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Plusieurs régimes de protection sont placés sous la responsabilité de l’État, que ce soit à travers de :
- ses établissements publics : l’OFB rassemble les établissements publics de gestion des parcs nationaux, l’ONF se charge des forêts domaniales ;
- ses services préfectoraux : la DDT se charge des réserves naturelles nationales.
Les réserves naturelles régionales, en revanche, sont administrées par le Conseil régional. Ce n’est cependant pas le cas des parcs naturels régionaux qui dépendent d’un établissement public de coopération intercommunale, souvent un syndicat mixte, qui réunit les collectivités et les autres acteurs concernés.
Les régimes de protection foncière sont généralement appliqués par des collectivités. Les conseils départementaux sont chargés de la politique des ENS mais les terrains peuvent être gérés par des acteurs locaux (ex : commune, associations de protection de la nature, conservatoires d’espaces naturels). Les espaces boisés classés (EBC) sont délimités par le plan local d’urbanisme (PLU) qui est élaboré par la commune ou l’EPCI quand il est compétent en matière d’urbanisme. Les périmètres de protection des espaces agricoles et naturels périurbains (PPEANP) relèvent quant à eux soit du département, soit de la commune.