Les objectifs du Musée des Maisons comtoises sont :
- Être une vitrine du développement durable à ciel ouvert
- Organiser des actions qui fleurissent aux quatre coins du musée
- Préserver les ressources naturelles, valoriser les ressources locales
- Agir solidairement
- Être un lieu de transmission, d’éducation et de sensibilisation
- Penser autrement notre monde et notre façon de l’habiter
- Se laisser habiter par de nouvelles valeurs
- Abriter la nature et la biodiversité (refuge LPO)
