Née dans le Jura, de la confluence de deux résurgences karstiques, la Seille est un affluent de la Saône, longue de 110 km. Le réseau hydrographique du bassin versant est composé de 2 092 km de linéaire de cours d’eau dont 950 km sont des masses d’eau principales. Les quatre principaux affluents sont le Solnan, la Vallière, les Sânes et la Brenne.
Le bassin versant de la Seille présente une superficie de 2 227 km² et s’étend sur 220 communes, 3 départements et 2 régions (Saône-et-Loire et Jura pour la région Bourgogne-Franche-Comté ; l’Ain pour la région Auvergne-Rhône-Alpes). La population totale du territoire s’élève à 134 000 habitants (INSEE 2023).
L’agriculture est la principale activité sur ce bassin (65 % de l’occupation des sols) et l’urbanisation est faible, concentrée sur les agglomérations de Lons-le-Saunier (17 189 habitants) et Louhans (6 433 habitants) (INSEE 2019).
L’hydrologie des rivières est marquée par des étiages sévères en été ainsi que des crues importantes en automne et en hiver.
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